Von der Maverick Homepage:

Neo, Trinity, Morpheus und der Rest der Schiffsbesatzung kämpfen weiter gegen die Maschinen, die die Menschheit mit Hilfe der Matrix versklaven.
Mit der Zeit wachen immer mehr Menschen auf und versuchen der Matrix zu entkommen. Dies verschiebt den Kampf nach Zion, der letzten menschlichen Zuflucht in der realen Welt.